金針菇由營(yíng)養(yǎng)器官(菌絲體)和繁殖器官（子實(shí)體）兩大部分組成。⑴菌絲體由孢子萌發(fā)而成， 在人工培養(yǎng)條件下，菌絲通常呈白色絨毛狀，有橫隔和分枝，很多菌絲聚集在一起便成菌絲體。和其它食用菌不同的是，菌絲長(zhǎng)到一定階段會(huì)形成大量的單細(xì)胞粉孢子（也叫分生孢子），在適宜的條件下可萌發(fā)成單核菌  金針菇絲或雙核菌絲。有人在試驗(yàn)中發(fā)現(xiàn)，金針菇菌絲階段的粉孢子多少與金針菇的質(zhì)量有關(guān)，粉孢子多的菌株質(zhì)量都差，菌柄基部顏色較深。

⑵子實(shí)體主要功能是產(chǎn)生孢子，繁殖后代。金針菇的子實(shí)體由菌蓋、菌褶、菌柄三部分組成，多數(shù)成束生長(zhǎng)，肉質(zhì)柔軟有彈性。菌蓋呈球形或呈扁半球形，直徑1.5～7厘米，幼時(shí)球形，逐漸平展，過分成熟時(shí)邊緣皺折向上翻卷。菌蓋表面有膠質(zhì)薄層，濕時(shí)有粘性，色黃白到黃褐，菌肉白色，中央厚，邊緣薄，菌褶白色或象牙色，較稀疏，長(zhǎng)短不一，與菌柄離生或彎生。菌柄中央生，中空?qǐng)A柱狀，稍彎曲，長(zhǎng)3.5～15厘米，直徑0.3～1.5厘米，菌柄基部相連，上部呈肉質(zhì)（亦有書說菌柄為纖維質(zhì)、膠質(zhì)），下部為革質(zhì)，表面密生黑褐色短絨毛，擔(dān)孢子生于菌褶子實(shí)層上，孢子圓柱形，無色。